PIC International: PIC implementiert Imputations-Technologie für Nukleus-Testtiere

Mit der Imputation hat PIC einen neuen Meilenstein in der weiteren Beschleunigung des Zuchtfortschritts erreicht (Imputation, engl., Anrechnung, Zurechnung). Durch die erfolgreiche Entwicklung und Einbindung der Imputation für 60K-SNP-Genotypen in die Zuchtwertschätzroutine für Nukleustiere steigert sich die Genauigkeit der Zuchtwertschätzung nochmals enorm.

Das Kernstück der neuartigen Imputations-Technologie ist die Verbindung der Genotyp-Informationen der Eltern aus 60K-SNPs mit den individuellen Genotypen der Testtiere basierend auf 300 bis 400 Einzelmarkern. Daraus resultiert eine extrem hohe Genauigkeit der geschätzten Zuchtwerte für jedes einzelne Ferkel in einem Wurf, und das bereits zu einem sehr frühen Zeitpunkt. Bislang konnte aus den 60K-Genotypen der Eltern nur ein durchschnittlicher genomischer Zuchtwert für den gesamten Wurf gewonnen werden.

Die Genauigkeitssteigerung in der Zuchtwertschätzung für das Merkmal Wurfgröße veranschaulicht sehr deutlich die dramatische Veränderung. Die Nutzung der Genotyp-Informationen aus 60K-SNPs der Eltern brachte uns eine Steigerung der Genauigkeit um 11 %. Mit Imputation erhalten wir eine Steigerung um 68 %, stellt Dr. Selma Forni aus dem Genus-Forschungsteam für quantitative Genetik fest.

Diese signifikante Weiterentwicklung in der Schweinezucht wurde durch eine aktive Forschungspartnerschaft mit der Universität von New England in Australien, UNE, möglich. Wissenschaftler der Universität entwickelten gemeinsam mit Genus die Methode und die notwendige Software, um die Imputations-Technologie beim Branchenführer in Sachen genomischer Selektion zu implementieren.

Dieses über zweieinhalb Jahre dauernde Projekt begann mit der gemeinsamen Forschungsfinanzierung mit der UNE, erläutert Dr. Matthew Cleveland, ebenfalls aus dem Genus-Forschungsteam für quantitative Genetik. Schlüssel zum Erfolg war bzw. ist PIC's umfangreiche Datenbank mit genomischen Informationen. Die Daten von mehr als 20.000 mit dem 60K-Chip genotypisierten Tieren sind in dieser Datenbank gespeichert. Das ist die größte genomische Datenbank in der Branche weltweit. Mit diesen Daten konnten wir die Software üben lassen. PIC hat dann ihren eigenen Test für die Prüftiere entwickelt, die Ergebnisse der Imputation überprüft, die Software für die automatische Generierung der Zuchtwerte entwickelt und schließlich maßgeblich in den Ausbau der Computerkapazitäten investiert, um routinemäßig über eine Milliarde Genotypen zu verarbeiten.

PIC hat mit der praktischen Umsetzung der genomischen Imputation in die routinemäßige Zuchtwertschätzung ihre führende Rolle in der weltweiten Tierzucht weiter gefestigt, stellt Dr. Matt Culbertson, Direktor für PIC's globale Produktentwicklung. Während alle anderen führenden Zuchtunternehmen derzeit versuchen, genomische Selektion einzuführen, ist PIC einen deutlichen Schritt weiter. Sowohl in der Tiefe als auch im Umfang der Umsetzung ist PIC an erster Stelle der Branche, so dass wir über die weitere Beschleunigung des Zuchtfortschritts unseren Kunden höhere Produktivität und Profitabilität liefern werden.